时光飞驰，人类的足迹已经遍步地球，凭借智慧发展出高度发达的文明，并以shijie的主人自居。然而“心的屏障”使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠与悲哀，孤寂感迫使人类开始寻找新的生存之道。公元1947年，在约旦溪谷的洞窟中，一些吉普赛人偶然发现了死海文书，震惊了考古学界。其破译工作持续了很多年，终于取得成功。其记载内容令人震惊，不但指出人类与使徒的起源，还指出将来某一时刻由Adam与Lilith所生的必将归还本体，重新生长出生命之树并产生新形态的生命体。在这一过程中，人类和使徒，哪一方控制Adam是至关重要的，因为遗传因子都从Adam而出（所以Adam也称作第一使徒、最初的人），控制Adam的一方回归Lilith之卵后，便可以成为新生命形态，或者说就是成为神，而失败的一方只有死亡（赢的一方尽管也得死但灵魂却得到拯救）。因此在这个约定时刻到来之前，使徒一定会苏醒来与人类为敌，人类要顺利完成回归就必须在此之前消灭全部使徒。
为此目的，秘密组织Seele成立了，它的德文意思是灵魂，以基路议长为首，制订了人类补完jihua的剧本，或称时间表，其下属执行机构为称为NERV‘神不为者，人为之’。Seele在全shijie招收研究人员。而美穗跟自己的导师就是这个组织当年招收的研究人员之一。
克隆人的出现，解决了生老病死的难题，成为战争的一大助力，但是没有灵魂的克隆人只能完成像机器人一样按部就班的完成指令，如果在输入指令的时候遗漏了某些面对紧急情况的应对指令的话，那么克隆人战士将会不知变通的执行下去。
《新世纪福音战士》的shijie当中。人类用科学的眼光去解析灵魂、生命等谜团。时间是可以缓解创伤的良药，一万七千五百二十个小时，是七百三十天。两年的时间过去了。人类在经过七百三十个日夜后，渐渐恢复了平静的生活，东京这座国际性的大都市已经成为过去的代言词，地球上许多国际性的大都市已经成为过去。日本从新建立起了地标性建筑。为了纪念这次的灾难，跟阵亡者，新的首都，取名为‘第三新东京市’。
新的‘第三新东京市’在幸存者辛勤的双手下拔地而起，满目疮痍的‘东京市’成为过去，人口的锐减，破碎的家庭。让这座‘第三新东京市’里头的人们成了一个个丁克族，恋爱？虚伪而奢侈！能够活下来的人们整天为了新的生活忙碌，路上的行人似乎都充满了干劲。工作格外努力，每天十二个小时的上班时间也都不会抱怨，表面上看，这些幸
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